3 апреля 1995 года Президент Российской Федерации Борис Ельцин подписал Федеральный закон «Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации», вступивший в силу 10 апреля 1995 года со дня его официального опубликования в Собрании законодательства Российской Федерации[3]. В соответствии с ним, Федеральная служба контрразведки Российской Федерации была переименована[4] в Федеральную службу безопасности Российской Федерации, при этом не проводилось организационно-штатных мероприятий, сотрудники службы (включая директора и его заместителей) оставались на своих должностях без переназначений и переаттестаций. 23 июня 1995 года соответствующие изменения «задним числом» были внесены в структуру федеральных органов исполнительной власти[5]. Этим же указом были утверждены положение о службе и структуре её центрального аппарата, повторявшей структуру ФСК России за некоторыми исключениями (воссоздано следственное управление, появилось управление специальных операций, а секретариат преобразован в управление делами).
Указом Президента Российской Федерации № 1280 от 20 декабря 1995 года «Об установлении Дня работника органов безопасности Российской Федерации» был установлен профессиональный праздник — День работника органов безопасности Российской Федерации, который отмечается 20 декабря — в этот день 1917 года была создана ВЧК[6].
14 августа 1996 года официальное наименование службы было изменено с «Федеральная служба безопасности Российской Федерации» на «Федеральная служба безопасности России». 9 сентября 1996 года переименование было отменено.
В мае 1997 года была произведена крупная реорганизация центрального аппарата: из 22-х управлений осталось 5, остальные сгруппированы в 5 департаментов[7].
11 марта 2003 года Президент Российской Федерации В. В. Путин своим указом передал функции Федеральной пограничной службы Российской Федерации и часть функций Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации в ведение ФСБ России.
В июле 2004 года произведена следующая крупная реорганизация центрального аппарата: вместо департаментов созданы службы Федеральной службы безопасности, количество заместителей директора уменьшено с двенадцати до четырёх (включая двух первых)[8].
28 августа 2006 года Президент Российской Федерации В. В. Путин своим указом изменил форму сотрудников с оливковой (общевойсковой) на иссиня-черную[9].
31 июля 2014 года Председатель Правительства Российской Федерации Дмитрий Медведев подписал постановление правительства № 743, по которому соцсети, форумы и любые сайты для общения, доступные всем пользователям интернета должны подключать оборудование и ПО для силовиков согласно плану мероприятий, разработанных ФСБ России. С помощью этого спецслужбы смогут в автоматическом режиме получать информацию о действиях пользователей этих сайтов, схема работает аналогично СОРМ. При этом представители интернет-отрасли не были ознакомлены с итоговым текстом закона, также не известно за чей счёт будет устанавливаться оборудование[10].