На протяжении своего существования высший орган исполнительной власти России был неоднократно подвергнут реформированию, в силу происходящих изменений во внутренней политике государства. Условно, можно выделить пять этапов, способствующих становлению действующего Правительства Российской Федерации.

Первый этап включает в себя проведение первых альтернативных выборов, после которых 29 мая 1990 года российский Парламент возглавил Б.Н. Ельцин. Председателем Совета Министров по его предложению 15 июня 1990 года был назначен И.С.Силаев, возглавивший первое Правительство России.

Второй этап начался с 10 июля 1991 года, когда Борис Ельцин вступил в должность Президента, и снова назначил Председателем Совета Министров И.С. Силаева. Но вновь назначенный Председатель Совета Министров недолго занимал свой пост, так как в августе 1991 года Силаев возглавил временное правительство СССР и уже 26 сентября того же года под давлением нескольких министров ушел в отставку. С того момента, во главе Правительства встал первый вице-премьер О.И. Лобов.

Третий этап ознаменовался формированием 6 ноября 1991 года Ельциным третьего Правительства. Оно стало известно как "Правительство реформ", и было непосредственно подчинено Президенту. Г.Э. Бурбулис был назначен Первым заместителем Председателя Правительства, исполняющим часть премьерских обязанностей. Менее чем через полгода, 3 апреля 1992 года Бурбулис ушел в отставку, и первым лицом в Правительстве стал Е.Т. Гайдар, занимавший со 2 марта 1992 года должность первого вице-премьера.

Четвертый этап начался с отказа Съезда народных депутатов 10 декабря 1992 года утвердить Егора Гайдара Председателем Совета Министров, и 14 декабря по предложению Ельцина СНД утвердил в этой должности В.С. Черномырдина. После проведения всенародного голосования и последующего принятия новой Конституции в декабре 1993 года, Совет Министров был официально переименован в Правительство Российской Федерации и несколько реорганизован, что и отразилось в ведущем нормативно-правовом акте государства. Начиная с 22 декабря 1992 года действовал Закон РФ № 4174-1 "О Совете Министров - Правительстве РФ" Ведомости Съезда Народных Депутатов Российской Федерации и Верховного Совета Российской Федерации. 1993. № 1. Ст. 14., на основании которого и в соответствии с Конституцией РФ 1993 года Совет Министров - Правительство РФ осуществляло свою деятельность вплоть до 1 января 1998 года - момента вступления в силу Федерального конституционного закона "О Правительстве РФ".

Заключительным этапом послужило становление пятого Правительства, снова находящегося под руководством Виктора Черномырдина. Оно было сформировано в августе 1996 года после очередных президентских выборов. В марте 1997 года состав Правительства был существенно обновлен: на смену первым вице-премьерам Большакову, Илюшину и Потанину пришли Чубайс и Немцов, которые стали известны как "молодые реформаторы". В это время было принято Постановление Правительства РФ № 604 от 18 июня 1998года "Вопросы организации деятельности Правительства РФ" Собрание Законодательства РФ. 1998. № 27. Ст. 3176. (в ред. от 5 октября 2000 года)., на основании которого более детально регламентировался порядок деятельности Правительства РФ.

После этого произошло своего рода установление стабильности, и высший орган исполнительной власти не претерпевал существенных изменений, за исключением обновления кадров, создания и реорганизации, координационных, совещательных органов Правительства, и принятием нового Регламента. Действующее в настоящий момент Правительство Российской Федерации сформировано 12 мая 2008 года согласно действующему законодательству. В данный момент Председателем является В.В. Путин, а первым заместителем Председателя правительства - В.А. Зубков.